Традиционная система Рэйки включает в себя 3 ступени.
Проходить все три вовсе не обязательно - каждый выбирает сам, какая ступень удовлетворяет его стремлениям и потребностям.
1 ступень - происходит настройка Рэйки и инициируемый получает возможность:
- очищение организма, наполнение энергией Жизни на всех уровнях;
- контактного лечения себя и других, снятия болей, глубоко исцеления на всех причинно-следственных уровнях;
- физической и эмоциональной гармонизации, гармонизирования ситуаций, в которых непосредственно находится человек и окружающие его люди;
- способность заряжать желаемой информацией воду, очищать ее и повышать вибрации еды, употребляемой в пищу.

При передаче настройки для Рейки I происходит открытие ауры. Ученик, получающий Первую ступень, не раскрывается полностью сразу в момент настройки. Когда его энергетическое тело расширяется и приспосабливается к новому количеству Ки (жизненной энергии), увеличивается и способность ученика постоянно в потоке жизни удерживать в своем поле больше энергии, и все его энергетические поля расширяются. Для полного открытия к энергии Рейки I (то есть для адаптации к этому уровню) требуется три-четыре недели (трех-четырехдневный цикл для каждой чакры).
2 ступень - спустя как минимум 2-3 месяца после настройки на I ступень Рэйки, если человек готов двигаться дальше, можно настраиваться на II ступень. На этом уровне происходит настройка на символы Рэйки и дальнейшее расширение энергетического канала, вместе с этим человек обретает возможности:
- контактного и бесконтактного лечения себя и других;
- исцеления на расстоянии (независимо от дальности расстояния);
- работы со своими желаниями и намерениями, а так же с желаниями и намерениями других людей;
- очищение пространства;
- работы с прошлым и будущим (выход за рамки времени - т.е. работа с самой причиной ситуации, не зависимо от того, насколько давно это было или насколько отдаленно в будущем могут быть последствия);
- проработка нежелательных качеств личности и обретение желаемых качеств;
- гармонизации своего личного внутреннего и внешнего пространства и пространства других людей;
- создание собственных мощных талисманов, амулетов, зарядка кристаллов защиты и помощи в осуществлении намерений.

3 ступень имеет внутри себя два уровня:
1. МАСТЕР-ЦЕЛИТЕЛЬ - происходит настройка на мастерский символ Рэйки - мощное средство для саморазвития, открытие канала по-максимуму. Эта ступень рекомендуется, главным образом, тем, кто серьезно занимается духовным ростом и готов стать МАСТЕРОМ своей жизни с полной ответственностью.
2. МАСТЕР-УЧИТЕЛЬ - возможность инициировать других людей, т.е. работать на благо Вселенной, с целью повышения уровня вибраций ВСЕГО СУЩЕГО.
ВАЖНО! Посвящение в эту ступень возможно ТОЛЬКО после прохождения предварительного собеседования на знание теории и практики Рэйки Усуи. А также выражения кандидатом в Мастера-Учителя намерения обучать людей системе Рэйки и сделать это основным направлением своей деятельности. Без такой готовности нет смысла становиться Мастером-Учителем, достаточно быть Мастером-Практиком (Целителем). Посвящаемый в Мастера-Учителя должен осознавать принимаемые на себя обязательства - в свете влияния на его карму. Быть Мастером-Учителем означает посвящать основную часть своего рабочего времени служению людям и повышению вибраций планеты.